Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal
9C_207/2025
Urteil vom 24. November 2025
III. öffentlich-rechtliche Abteilung
Besetzung
Bundesrichterin Moser-Szeless, Präsidentin,
Bundesrichter Stadelmann, Beusch,
Gerichtsschreiberin Dormann.
Verfahrensbeteiligte
A.________ AG, vertreten durch Rechtsanwalt Dr. Reto Böhi und Nathalie Urban,
Beschwerdeführerin,
gegen
Kantonales Steueramt Zürich, Rechtsdienst, Bändliweg 21, 8090 Zürich,
Beschwerdegegner.
Gegenstand
Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Zürich, Steuerperiode 2021,
Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 26. Februar 2025 (SB.2025.00001).
Sachverhalt:
A.
A.a. Die B.________ GmbH wurde als Spin-off der Eidgenössischen Technischen Hochschule (ETH) im Juli 2016 mit Sitz im Kanton Zürich gegründet. Im Mai 2018 wurde sie in die B.________ AG umgewandelt. Die Gesellschaft entwickelte in der Folge eine Software, mit der Programmiercodes auf der Basis von künstlicher Intelligenz automatisiert auf Fehler überprüft werden können. Im Jahr 2019 erreichte die Software die Marktreife. Im November 2020 kaufte die in Grossbritannien ansässige (und zur in den USA domizilierten C.________-Gruppe gehörige) C.________ Ltd. sämtliche Aktien der B.________ AG. Laut einem zuvor vom kantonalen Steueramt Zürich am 26. Oktober 2020 bestätigten Ruling betrug der Kaufpreis USD 41'250'000.-. Im April 2021 verlegte die B.________ AG ihren formellen Sitz in den Kanton Thurgau. Seit September 2023 firmiert sie als A.________ AG (nachfolgend: Gesellschaft).
A.b. Die Steuererklärung der Gesellschaft für die Steuerperiode 2020 vom 16. September 2022 wies einen Verlust von Fr. 1'558'320.- und ein steuerbares Eigenkapital von Fr. 1'911'203.- aus. Dementsprechend legte das kantonale Steueramt Zürich den steuerbaren Reingewinn auf Fr. 0.- und das steuerbare Eigenkapital auf Fr. 1'911'000.- fest (vgl. Schlussrechnung vom 14. November 2022).
A.c. Für die Steuerperiode 2021 reichte die Gesellschaft trotz öffentlicher Aufforderung resp. individueller Mahnungen weder im Kanton Zürich noch im Kanton Thurgau eine Steuererklärung ein.
Mit Ermessensveranlagung vom 18. September 2023 erkannte die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau für die kantonalen und kommunalen Steuern sowie für die direkte Bundessteuer der Steuerperiode 2021 einen steuerbaren Reingewinn der Gesellschaft von Fr. 75'000.- (davon im Kanton Thurgau steuerbar Fr. 52'083.-) und ein steuerbares Gesamtkapital von Fr. 641'900.- (davon im Kanton Thurgau steuerbar Fr. 445'700.-).
Das kantonale Steueramt Zürich legte für die kantonalen und kommunalen Steuern der Steuerperiode 2021 im Rahmen eines Einschätzungsentscheids nach Ermessen (Verfügung vom 5. Oktober 2023) den im Kanton Zürich steuerbaren Reingewinn auf Fr. 38'000'000.- und das im Kanton Zürich steuerbare Eigenkapital auf Fr. 40'000'000.- fest.
Am 16. Oktober 2023 reichte die Gesellschaft der Steuerverwaltung des Kantons Thurgau eine "vorläufige" Steuererklärung, Bilanz und Erfolgsrechnung für das Jahr 2021 ein. Mit Veranlagungsverfügung vom 23. Oktober 2023 betreffend die kantonalen und kommunalen Steuern sowie die direkte Bundessteuer der Steuerperiode 2021 korrigierte die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau das steuerbare Gesamtkapital der Gesellschaft deklarationsgemäss auf Fr. 5'355'600.- (davon im Kanton Thurgau steuerbar Fr. 3'718'900.-). Den steuerbaren Gesamtreingewinn von Fr. 328'838.- schied sie vollumfänglich in den Kanton Zürich aus, weshalb im Kanton Thurgau kein steuerbarer Gewinn verblieb.
Das kantonale Steueramt Zürich stellte am 13. November 2023 Staats- und Gemeindesteuern der Steuerperiode 2021 mit insgesamt Fr. 6'160'369.- in Rechnung. Die Gesellschaft übermittelte dem kantonalen Steueramt Zürich am 20. November 2023 per E-Mail eine Kopie ihrer (zuvor der Steuerverwaltung des Kantons Thurgau eingereichten) Steuererklärung, Bilanz und Erfolgsrechnung 2021. Gleichentags erhob sie Einsprache "gegen die Schlussrechnung über Staats- und Gemeindesteuer 2021 vom 13. November 2023" resp. - sinngemäss - gegen die der Schlussrechnung zugrunde liegende Verfügung vom 5. Oktober 2023. Darauf trat das kantonale Steueramt Zürich wegen Verspätung und fehlendem Fristwiederherstellungsgrund nicht ein (Einspracheentscheid vom 4. Dezember 2023).
Den dagegen erhobenen Rekurs wies das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 26. November 2024 ab.
B.
Die dagegen erhobene Beschwerde, mit der die Gesellschaft insbesondere die Aufhebung der Ermessenseinschätzung vom 5. Oktober 2023 zufolge Nichtigkeit beantragt hatte, wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 26. Februar 2025 ab.
C.
Die Gesellschaft lässt mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten Folgendes beantragen: Das Urteil vom 26. Februar 2025 sei aufzuheben; die Ermessenseinschätzung vom 5. Oktober 2023 sei zufolge Nichtigkeit aufzuheben und das kantonale Steueramt Zürich sei anzuweisen, für die Steuerperiode 2021 in Abstimmung mit der Veranlagung am Hauptsteuerdomizil neu zu verfügen; eventualiter sei die Sache an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückzuweisen.
Das kantonale Steueramt Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Gesellschaft lässt eine weitere Eingabe einreichen.
Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde richtet sich gegen einen Endentscheid einer letzten, oberen kantonalen Instanz in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (Art. 82 lit. a,
1.2.
1.2.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts gleich wie Bundesrecht mit freier Kognition, jene des nicht-harmonisierten, autonomen kantonalen Rechts hingegen bloss auf Verletzung des Willkürverbots und anderer verfassungsmässiger Rechte (BGE 143 II 459 E. 2.1; 134 II 207 E. 2). Mit freier Kognition ist zu prüfen, ob das kantonale Recht mit dem Bundesrecht, namentlich dem StHG, vereinbar ist (Urteil 9C_710/2022 vom 17. August 2023 E. 3). In Bezug auf die Verletzung der verfassungsmässigen Rechte gilt nach Art. 106 Abs. 2 BGG eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht (BGE 147 I 73 E. 2.1; 143 II 283 E. 1.2.2; 139 I 229 E. 2.2; 138 I 274 E. 1.6).
1.2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Eine Berichtigung oder Ergänzung der vorinstanzlichen Feststellungen ist von Amtes wegen oder auf Rüge hin möglich. Von den tatsächlichen Grundlagen des vorinstanzlichen Urteils weicht das Bundesgericht jedoch nur ab, wenn diese offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen und die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang zudem entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und
2.
2.1.
2.1.1. Hat der Steuerpflichtige trotz Mahnung seine Verfahrenspflichten nicht erfüllt oder können die Steuerfaktoren mangels zuverlässiger Unterlagen nicht einwandfrei ermittelt werden, nimmt das kantonale Steueramt die Einschätzung nach pflichtgemässem Ermessen vor (§ 139 Abs. 2 Satz 1 des zürcherischen Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 [StG/ZH; ZH-Lex 631.1]). Gegen den Einschätzungsentscheid können der Steuerpflichtige und die Gemeinde innert 30 Tagen nach Zustellung beim kantonalen Steueramt schriftlich Einsprache erheben (§ 140 Abs. 1 StG/ZH). Eine Einschätzung nach pflichtgemässem Ermessen kann der Steuerpflichtige nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen (§ 140 Abs. 2 StG/ZH).
Im Wesentlichen identische bundesrechtliche Vorgaben finden sich in Art. 46 Abs. 3,
2.1.2. Zu einer Ermessensveranlagung (Terminologie gemäss StHG und DBG) resp. -einschätzung (Terminologie gemäss StG/ZH) darf die zuständige Behörde erst schreiten, wenn trotz durchgeführter Untersuchung der Sachverhalt nicht ausreichend erhellt werden konnte und somit ein Bereich der Unsicherheit verbleibt, der sie daran hindert, die Steuerfaktoren mit der erforderlichen Vollständigkeit und Genauigkeit festzulegen. Die Ermessensveranlagung soll der Wirklichkeit und namentlich der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit der steuerpflichtigen Person möglichst nahe kommen. Die Untersuchungs- und Prüfungspflicht der Veranlagungsbehörde erlischt im Rahmen der Ermessensveranlagung daher nicht völlig. Die Veranlagungsbehörde hat die Verhältnisse gesamthaft zu würdigen, alle im Zeitpunkt der Veranlagung bekannten Tatsachen zu berücksichtigen und - wie bei der ordentlichen Veranlagung - von Amtes wegen allen Unterlagen Rechnung zu tragen, die ihr zur Verfügung stehen. Das gilt selbst für solche Umstände, die möglicherweise nicht in den Akten vermerkt sind, soweit die Behörde davon Kenntnis hat (BGE 151 II 120 E. 6.1 mit Hinweisen).
Wenn die Veranlagungsbehörde eine steuerpflichtige Person nach pflichtgemässem Ermessen veranlagt, kann diese im Einspracheverfahren eine Rückkehr in das ordentliche Verfahren erreichen, wenn sie mithilfe einer substanziierten Sachdarstellung und von Beweismitteln die Ungewissheit bezüglich des Sachverhalts vollständig beseitigt und auf diese Weise die zuverlässige Ermittlung der Steuerfaktoren ermöglicht. Im Übrigen kann sie gegen die Ermessensveranlagung nur noch geltend machen, diese sei offensichtlich unrichtig oder die verfahrensrechtlichen Voraussetzungen für eine Ermessensveranlagung seien nicht erfüllt gewesen (BGE 151 II 120 E. 6.2 mit Hinweis auf StE 2022 B 95.1 Nr. 17, 2C_61/2021 E. 4.1, 4.1.1 und 4.1.2).
2.2.
2.2.1. Fehlerhafte Entscheide sind nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung in der Regel nur anfechtbar. Als nichtig erweisen sie sich erst dann, wenn der ihnen anhaftende Mangel besonders schwer ist, wenn er sich als offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar erweist und die Rechtssicherheit durch die Annahme der Nichtigkeit nicht ernsthaft gefährdet wird. Als Nichtigkeitsgründe fallen vorab funktionelle und sachliche Unzuständigkeit der entscheidenden Behörde sowie krasse Verfahrensfehler in Betracht (BGE 151 II 120 E. 4.1; 151 II 101 E. 3.4.2; 150 II 244 E. 4.2.1; 149 IV 9 E. 6.1; 145 III 436 E. 4).
2.2.2. Aus dem in E. 2.1 Gesagten folgt, dass eine Ermessensveranlagung resp. -einschätzung selbst bei offensichtlicher inhaltlicher Unrichtigkeit in der Regel bloss anfechtbar und nicht nichtig ist. Von Nichtigkeit ging das Bundesgericht in seiner bisherigen Rechtsprechung nur aus, wenn die Veranlagungsbehörde aus fiskalischen und pönalen Motiven bewusst und willkürlich von der tatsächlichen wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit und den sonstigen Umständen abweicht und die Steuerfaktoren zum Nachteil des Steuerpflichtigen festsetzt, was bisweilen als "krasse" oder "durch nichts zu rechtfertigende" Willkür bezeichnet wurde (BGE 151 II 120 E. 6.3 mit Hinweis auf BGE 145 V 326 E. 4.1; Urteile 9C_656/2022 vom 24. März 2023 E. 2.2.2; 2C_259/2021 vom 30. November 2021 E. 5.3; 2C_1022/2020 vom 18. Mai 2021 E. 3.3; 2C_573/2020 vom 22. April 2021 E. 8.1; 2C_720/2018 vom 11. September 2018 E. 3.2.3; StE 2017 B 93.5 Nr. 33, 2C_679/2016 / 2C_680/2016 E. 5.3).
Das Bundesgericht befasste sich in BGE 151 II 120 E. 6.9 erneut mit Abgrenzungsfragen. Es erkannte, dass mangels greifbarer Kriterien, anhand derer die "krass" oder "durch nichts zu rechtfertigenden" willkürlichen - und deshalb nichtigen - Ermessensveranlagungen in vorhersehbarer Weise von bloss "gewöhnlich" willkürlichen - und nur anfechtbaren - Ermessensveranlagungen abgegrenzt werden könnten, auf diese Begrifflichkeit ohne Weiteres verzichtet werden kann (BGE 151 II 120 E. 6.9.1). Sodann präzisierte es seine Rechtsprechung zur Nichtigkeit von Verfügungen bei Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen wie folgt: Wenn zur offensichtlichen (inhaltlichen) Unrichtigkeit einer Ermessensveranlagung gravierende verfahrensrechtliche Verfehlungen der Veranlagungsbehörde hinzutreten, kommt ausnahmsweise Nichtigkeit der Veranlagungsverfügung in Betracht, namentlich wenn die Veranlagungsbehörde die Ermessensveranlagung offenkundig dazu missbraucht, die steuerpflichtige Person für die Verletzung ihrer Mitwirkungspflichten zu bestrafen (BGE 151 II 120 E. 6.9.1 und 6.9.2). Eine für die steuerpflichtige Person ungünstige Schätzung ist - auch wenn sie offensichlich unrichtig ist - für sich genommen noch kein Indiz dafür, dass die Veranlagungsbehörde die betroffene Person bestrafen wollte. Von einem Strafmotiv ist aber etwa dann auszugehen, wenn die Veranlagungsbehörde die Steuerfaktoren einer steuerpflichtigen Person ohne nähere Begründung von Jahr zu Jahr erhöht, obschon ihr nicht nur kein Anhaltspunkt für eine gestiegene wirtschaftliche Leistungsfähigkeit, sondern im Gegenteil ein Anhaltspunkt dafür vorliegt, dass ihre bisherigen Schätzungen zu hoch ausgefallen sind (BGE 151 II 120 E. 6.9.3).
3.
3.1. Die Vorinstanz hat hinsichtlich des durch das Steuerrekursgericht bestätigten Nichteintretens des kantonalen Steueramts Zürich (Einspracheentscheid vom 4. Dezember 2023) erwogen, die Frist zur Einsprache gegen die Verfügung vom 5. Oktober 2023 (Ermessenseinschätzung) sei am 9. November 2023 abgelaufen. Bis zu diesem Zeitpunkt habe die Gesellschaft dem kantonalen Steueramt Zürich zwar ihren Einsprachewillen kundgetan (mittels E-Mail-Nachricht am 13. Oktober 2023 und telefonisch am 18. Oktober 2023), aber keine qualifizierte Begründung der Einsprache eingereicht.
3.2. Dass diese Feststellungen offensichtlich unrichtig sein oder auf einer Rechtsverletzung beruhen sollen, macht die Beschwerdeführerin nicht geltend. Solches ist auch nicht ersichtlich: Die Einreichung einer qualifizierten Einsprachebegründung (vgl. vorangehende E. 2.1.2) vor Ablauf der Einsprachefrist ist eine Sachurteilsvoraussetzung (StE 2022 B 95.1 Nr. 17, 2C_61/2021 E. 4.1); diesbezügliche Beweislosigkeit erlaubt ohne Weiteres den Schluss auf deren Fehlen. Die hier interessierenden Feststellungen bleiben daher für das Bundesgericht verbindlich (vgl. vorangehende E. 1.2.2).
Anders als die Beschwerdeführerin glauben machen will, leuchtet auch mit Blick auf die in Art. 39 Abs. 2 StHG statuierte Amtshilfe nicht ein, weshalb die am 16. Oktober 2023 der Steuerverwaltung des Kantons Thurgau ("am Hauptsteuerdomizil") eingereichten Unterlagen ("vorläufige" Steuererklärung, Bilanz und Erfolgsrechnung für das Jahr 2021) im Verfahren beim kantonalen Steueramt Zürich als rechtzeitige (und substanziierte) Einsprachebegründung gelten sollten. In den hier einschlägigen (d.h. die Staats- und Gemeindesteuern betreffenden) Gesetzen - StHG, StG/ZH und thurgauisches Steuergesetz vom 14. September 1992 (StG/TG; RB 640.1) - findet sich denn auch keine mit Art. 133 Abs. 2 DBG oder Art. 21 Abs. 2 VwVG vergleichbare Regelung zur Weiterleitungspflicht oder Fristwahrung bei rechtzeitiger Anrufung einer unzuständigen (ausserkantonalen) Amtsstelle oder Behörde, auch aus der Verordnung vom 9. März 2001 über die Anwendung des Steuerharmonisierungsgesetzes im interkantonalen Verhältnis (SR 642.141) ergibt sich nichts Entsprechendes. Unter den gegebenen Umständen hat die Vorinstanz das Nichteintreten des kantonalen Steueramts Zürich auf die Einsprache gegen die Verfügung vom 5. Oktober 2023 (Ermessenseinschätzung betreffend Staats- und Gemeindesteuern der Steuerperiode 2021) resp. die entsprechende Bestätigung des Steuerrekursgerichts zu Recht geschützt. Diesbezügliche Weiterungen erübrigen sich.
4.
4.1. Zu prüfen bleibt allein, ob die Verfügung vom 5. Oktober 2023 (Ermessenseinschätzung) nichtig ist (vgl. vorangehende E. 2.2.2), was die Vorinstanz verneint hat.
4.2. In diesem Zusammenhang hat die Vorinstanz insbesondere erwogen, die fehlende Begründung des Einschätzungsentscheids vom 5. Oktober 2023 und die damit verbundene Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör habe nicht zur Nichtigkeit, sondern bloss zur Anfechtbarkeit der entsprechenden Verfügung geführt. Die Beschwerdeführerin hätte denn auch vor Ablauf der Einsprachefrist entsprechende Rügen vorbringen, eine Entscheidbegründung verlangen und/oder einschlägige Unterlagen - namentlich Steuererklärung, Bilanz und Erfolgsrechnung für das Jahr 2021 - einreichen können; sie habe von diesen Möglichkeiten aber keinen Gebrauch gemacht.
Weiter hat das Verwaltungsgericht ausgeführt, der Verkauf aller Aktien der Beschwerdeführerin an eine ausländische Gesellschaft habe begründeten Anlass zur Annahme einer Funktionsverlagerung ins Ausland gegeben. Das kantonale Steueramt Zürich habe diesbezüglich (auch hinsichtlich der Sitzverlegung in den Kanton Thurgau) Nachforschungen bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung vorgenommen, die jedoch aufgrund der Verfahrenspflichtverletzungen der Beschwerdeführerin erfolglos geblieben seien. Es sei nicht zu umfassenden Untersuchungen und Abklärungen verpflichtet gewesen, weshalb nicht von krasser Verletzung entsprechender Pflichten gesprochen werden könne. Ebenso wenig habe das kantonale Steueramt die Beschwerdeführerin absichtlich in Unkenntnis über die vermutete Funktionsverlagerung und/oder den damit verbundenen Verkauf von Software gelassen; die Gesellschaft habe denn auch nicht bestritten, dass bei ihr auf das Vorhandensein von Goodwill in beträchtlicher Höhe habe geschlossen werden können. Im massgeblichen Zeitpunkt der Ermessenseinschätzung habe sich ein Verkauf der marktreifen Software als denkbares und realistisches Szenario präsentiert. Dass neben einem Verkauf auch noch andere Optionen zur Vermarktung bestanden hätten, sei im Rahmen der Ermessenseinschätzung nicht entscheidend. Laut dem aktenkundigen, vom kantonalen Steueramt Zürich bereits am 26. Oktober 2020 bestätigten Ruling habe der Kaufpreis für die Aktien der Gesellschaft USD 41'250'000.- betragen. Vor diesem Hintergrund sei die ermessensweise Schätzung des Reingewinns in der Steuerperiode 2021 auf Fr. 38'000'000.- nicht wirklichkeitsfremd gewesen, wären doch entsprechende Einnahmen durch Verkauf von Software und/oder Know-how im Bereich des Möglichen gelegen. Entsprechende Rückschlüsse hätten sich auch für das Eigenkapital ziehen lassen.
Die Einschätzung der Steuerfaktoren sei somit nachvollziehbar und vertretbar, jedenfalls nicht willkürlich gewesen. Dementsprechend sei auch die Nichtigkeit des Einschätzungsentscheids vom 5. Oktober 2023 zu verneinen. Im Übrigen handle es sich bei den Vorbringen der Beschwerdeführerin betreffend die (behauptete) Falschberechnung ihres steuerbaren Reingewinns und Kapitals um materiellrechtliche Einwendungen, die (wegen der verspäteten Einsprache) nicht Gegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens seien.
4.3. Soweit die Beschwerdeführerin der Vorinstanz eine mangelnde Auseinandersetzung mit ihren Argumenten betreffend Falschberechnung der Steuerfaktoren resp. eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör vorwirft, ergibt sich nichts für sie: Die aus dem verfassungsmässigen Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) fliessende Verpflichtung einer Behörde, ihren Entscheid zu begründen (vgl. auch Art. 112 Abs. 1 lit. b BGG), verlangt nicht, dass diese sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Die Begründung muss kurz die wesentlichen Überlegungen nennen, von denen sich die Behörde resp. das Gericht hat leiten lassen und auf die sie resp. es seinen Entscheid stützt. Eine Verletzung der Begründungspflicht ist zu verneinen, wenn eine sachgerechte Anfechtung des betroffenen Entscheids möglich war (BGE 149 V 156 E. 6.1; 148 III 30 E. 3.1; 141 III 28 E. 3.2.4). Davon kann hier ohne Weiteres ausgegangen werden. Ausserdem führen (behauptete) Berechnungsfehler in der Ermessenseinschätzung nicht per se zu deren Nichtigkeit (vgl. nachfolgende E. 4.6).
4.4. Dass die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen offensichtlich unrichtig sein oder auf einer Rechtsverletzung beruhen sollen, wird nicht substanziiert geltend gemacht und ist auch nicht ersichtlich. Sie bleiben für das Bundesgericht verbindlich (vgl. vorangehende E. 1.2.2).
4.5.
4.5.1. Die Beschwerdeführerin bringt mit Blick auf die fehlende Begründung des Einschätzungsentscheids vom 5. Oktober 2023 vor, der aktenkundige Verlauf "des Telefonates" habe ein Begehren um Begründung des Entscheids gar nicht zugelassen. Angesichts des Verhaltens und der Kommunikation des Steuerkommissärs mit ihrer Vertreterin erscheine die vorinstanzliche Schlussfolgerung (gemeint ist wohl jene auf Anfechtbarkeit der fraglichen Verfügung) als "grotesk". Indessen legt sie nicht nachvollziehbar dar, weshalb die rechtzeitige Einspracheerhebung unmöglich gewesen sein soll; solches ist auch nicht ersichtlich. Angesichts der Möglichkeit, mittels (rechtzeitiger und den einschlägigen Vorschriften entsprechender) Einsprache eine Begründung des Einschätzungsentscheids im Verwaltungsverfahren erwirken zu können, stellt das Fehlen der Begründung in der Verfügung vom 5. Oktober 2023 weder einen krassen Verfahrensfehler (vgl. vorangehende E. 2.2.1) noch eine gravierende verfahrensrechtliche Verfehlung (vgl. vorangehende E. 2.2.2) dar, was - für sich allein oder in Kombination mit offensichtlicher inhaltlicher Unrichtigkeit der Einschätzung - den Schluss auf Nichtigkeit erlauben könnte. Das hat die Vorinstanz zutreffend erkannt.
4.5.2. Sodann wirft die Beschwerdeführerin dem kantonalen Steueramt Zürich weitere gravierende Verfahrensfehler bei der Ermessenseinschätzung vor, insbesondere die Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes und der Pflicht zur Würdigung aller Unterlagen und Informationen. Dazu macht sie etwa geltend, der Steuerkommissär habe das aktenkundige Ruling qualifiziert falsch gewürdigt, indem er nicht verstanden habe, dass es in diesem sog. Retention Options gegeben habe und eben zwei der ursprünglichen Gründer weiterhin dabei gewesen seien. Anhand der darin enthaltenen Listen von Mitarbeitern hätte eruiert werden können, ob diese auch weiterhin auf ihrer Payroll fungierten. Es hätten auch die Informationen aus dem Ruling gewürdigt werden müssen, die gegen eine Funktionsverlagerung gesprochen oder einen allfälligen Gewinn aus Funktionsverlagerung verringert hätten. Ausserdem hätte der Steuerkommissär "am Telefongespräch" aktiv nach einer Funktionsverlagerung fragen müssen; stattdessen habe er sich bewusst bedeckt gehalten und sich mit der blossen Aufforderung, die Beschwerdeführerin solle einreichen, was sie habe, einem klärenden Gespräch verweigert. Ein Blick auf die dem Ruling beiliegende Personalliste hätte ergeben, dass die meisten der dort aufgeführten Personen zum Zeitpunkt der Ermessenseinschätzung trotz formeller Sitzverlegung nach wie vor alle in der Stadt Zürich arbeiteten. Ein Funktionsabbau habe gar nicht stattgefunden. Ein direktes Nachfragen beim Kanton Thurgau hätte zusätzliche Erkenntnisse bringen können, etwa dazu, ob die Beschwerdeführerin ihren tatsächlichen Betrieb oder Personal in den neuen Kanton verlagert hatte oder ob dort Hinweise auf eine Veräusserung der Software ins Ausland vorlagen. Solche Informationen wären relevant gewesen, um die Annahme einer Funktionsverlagerung zu stützen oder zu entkräften. Das kantonale Steueramt hätte zudem mit geringem Aufwand andere Vermarktungsmöglichkeiten als den Verkauf der Software prüfen müssen und können. Zumindest hätte geprüft werden müssen, ob überhaupt Anhaltspunkte für einen tatsächlichen Transfer der betrieblichen Funktion (Softwareentwicklung/ -vermarktung) vorlagen.
Selbst wenn angenommen würde, dass diese - auf weiten Strecken appellatorischen - Vorwürfe betreffend den Untersuchungsgrundsatz und die Würdigung der Unterlagen zuträfen (was offenbleiben kann), ist darin keine gravierende verfahrensrechtliche Verfehlung zu erblicken, die auf eine pönale Ermessenseinschätzung schliessen liesse.
4.6. Schliesslich macht die Beschwerdegegnerin offensichtliche und schwerwiegende inhaltliche Mängel der Ermessenseinschätzung in verschiedener Hinsicht geltend. Indessen vermag die Ermessenseinschätzung, auch wenn sie materiell offensichtlich unrichtig (oder willkürlich) sein sollte, weder für sich allein (vgl. vorangehende E. 2.2.2) noch zusammen mit den hier behaupteten Verfahrensfehlern (vgl. vorangehende E. 4.5) eine pönale und fiskalische Motivation der Ermessenseinschätzung resp. Nichtigkeit der Verfügung vom 5. Oktober 2023 zu begründen. Ein konkreter Anhaltspunkt für ein offenkundig strafendes oder auf andere Weise missbräuchliches Vorgehen des kantonalen Steueramtes Zürich ist denn auch nicht ersichtlich; ein solcher liegt insbesondere nicht im Umstand, dass die Vorinstanz am 4. Oktober 2023 ein im Zusammenhang mit einer Funktionsverlagerung stehendes Urteil (SB.2022.00060) fällte.
4.7. Die Vorinstanz ist demnach zu Recht davon ausgegangen, dass die Ermessenseinschätzung resp. Verfügung vom 5. Oktober 2023 anfechtbar, aber nicht nichtig war. Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt unbegründet.
5.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Das Bundesgericht erkennt:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 27'000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 24. November 2025
Im Namen der III. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Moser-Szeless
Die Gerichtsschreiberin: Dormann